ディスク上で断片化したファイルを整理してディスクのアクセスを高速化するいわゆるデフラグツールは、Windows Vistaから仕様が大きく変わり、ユーザが指定して実行するのではなく、OSが勝手に自動実行してくれるようになりました。

私はXPの頃もデフラグは滅多に行わないタイプだったのでVistaの仕様はウエルカムなのですが、一方で毎日のようにデフラグを行って、ディスクが整理されていく様子を目で確認しないと気が済まない人もたくさんいらっしゃるようです。
ただ、残念ながらVistaでは手動での実行は指定できても(エクスプローラでディスクを右クリック→プロパティ→ツール→最適化)、最適化していく様子を目で確認する事はできないので、それでは物足りない人は、別にツールを入手しなければなりません。

パッケージとして市販されているものでは、たとえば「PowerX PerfectDisk 8 Pro」というのが出ており、それ以外にフリーソフトでも「JkDefrag」というのが出ています(ただし英語版)。

あまり頻繁にデフラグを行うとディスクの寿命が縮みそうですし、OSにおまかせでいいんでないの？という気もするのですが、デフラグをちゃんとすればディスクのアクセスは確かに速くなりますし、標準のものより市販のツールのほうが効果が高いという話も聞きますし、Vistaのデフラグじゃやっぱり不満だという人は一度試してみてください。

PowerX PerfectDisk 8 Pro製品情報ページ(体験版あり)
http://www.powerx.jp/products/perfectdisk_8/
「Vistaのデフラグは不完全」 ネットジャパンから最新システムユーティリティ
http://plusd.itmedia.co.jp/pcuser/articles/0704/27/news014.html

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JkDefrag製品情報ページ(英文)
http://www.kessels.com/JkDefrag/index.html
起動するだけで全自動デフラグ可能なフリーソフト「JkDefrag」
http://gigazine.net/index.php?/news/comments/20061226_jkdefrag/

(参考記事を2つ追加:2007/6/20)
断片化を爆速で処理する無料デフラグソフト「Auslogics Disk Defrag」
http://gigazine.net/index.php?/news/comments/20070619_auslogics_disk_defrag/
ファイルの書き込みを検知して自動でデフラグできるソフトの体験版が公開
http://www.forest.impress.co.jp/article/2007/06/13/defragperfect.html